按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按建筑面积分别核算增值额，计算土地增值税。扣除项目=土地成本+房屋开发成本+费用扣除10%+加计扣除20%+税金，增值额=收入-扣除项目。
房地产商业土地增值税怎样清算，一般情况如下：
房地产商业土地增值税一般是采取先预交后清算的方式进行的(一般的预征率在2%-4%，具体每个地方不一样的)：
1、先计算可以扣除项目金额(包括土地成本、建造成本、税金、开发费用及利息、加计扣除等)
2、计算收入
3、收入-扣除项目金额=增值额
4、增值额/扣除项目金额=增值率
5、按税率计算税额
基本步骤如下：
计算土地增值税的公式为：应纳土地增值税=增值额×税率
1、公式中的“增值额”为纳税人转让房地产所取得的收入减除扣除项目金额后的余额。
纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入。
计算增值额的扣除项目：
(1)取得土地使用权所支付的金额；
(2)开发土地的成本、费用；
(3)新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；
(4)与转让房地产有关的税金；
(5)财政部规定的其他扣除项目。《土地增值税暂行条例实施细则》第七条第六款规定，该扣除项目为“根据条例第六条(五)项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和，加计20%的扣除”，即“取得土地使用权所支付的金额”和“开发土地的成本、费用”之和的20%。
但上述加计扣除项目，并不是所有的房地产转让销售在计算土地增值税时都可以加计扣除的，只有符合一定的条件才可以享受。一是必须是从事房地产开发的纳税人，也就是具有开发资质的企业；二是必须实际从事了房地产开发业务，对只从事房地产二手转让的企业，不得减除加计扣除项目。
综上所述是小编对商业土地增值税怎么算做出的相关回答，希望可以帮助到您。
【法律依据】
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条
增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐。
（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。
（四）纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。
（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。
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