1、总公司与分公司的所得税按照税收法规，跨地区经营（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所，企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。“就地预缴”是指总机构、分支机构应分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
2、不是跨地区经营，不执行“就地预缴”企业所得税，汇算清缴也不在分支机构（税法另有规定的除外）所在地缴纳。
3、税款预缴，应根据当期实际利润额，按法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构分月或者分季就地预缴。
在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。
4、总机构和分支机构分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。
企业所得税分摊，总公司按50%在当地预缴，剩余50%由各分公司分摊，那么总公司还应该列入分公司
按税法规定，如果盈利100万是可以抵扣你已预缴的所得税的，如果当年亏损，可以申请退税也可以下期抵扣。
但实际操作上，你申请退税的可能性不大，同时，因为你在天津的理拨付工程款时预缴，所以永远都是预缴，不可能有抵税的可能，所以你这部分预缴只能在你以后的经营中在总公司抵顶。这个具体的操作你还得同北京方面的税务局商定。
企业所得税汇总纳税分支机构分配
企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表是由总公司填写，由分公司根据分配表进行企业所得税季度预缴申报。当年新成立的分公司，当年不参加企业所得税分配，因此，不需要这个分配表。
国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告〔2012〕57号）：
第三条 汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
（一）统一计算，是指总机构统一计算包括汇总纳税企业所属各个不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
第五条 以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
………
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
企业所得税分摊，总公司按50%在当地预缴，剩余50%由各分公司分摊，那么总公司还应该列入分公司
如果分公司不具备独立核算能力，年末自然要并账，然后总公司年底一次性缴纳就可以了。
如果分公司具备独立核算能力，那就自己开自己的就可以了
企业所得税分摊，总公司按50%在当地预缴，剩余50%由各分公司分摊，那么总公司还应该列入分公司
剩余的50%由各分公司分摊，在分公司所在地缴纳，总公司不用再分摊剩余的50%了。年一下这个文件“ 跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法(国税发〔2008〕28号)”。
企业所得税汇总纳税分支机构分配
1、总机构根据统一计算的企业当期实际应纳所得税额的50%在分支机构分摊预缴。汇总纳税的企业法人应当统一核算应纳的企业所得税额。如果只有一个分支机构，分支机构分摊50%。
2、如果只有一个分支机构，该分支机构的分配比例就是50%。
3、分支机构分配税额=总机构统一核算应纳的企业所得税额*50%
补充：根据国税函[2008]747号“二、关于实行跨地区汇总纳税的企业能够核定征收所得税的问题
跨地区汇总纳税企业的所得税收入涉及到跨区利益，跨区法人应健全财务核算制度并准确计算经营成果，不适用《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法（试行）〉的通知》（国税发[2008]30号）。
因此，跨区法人不能采用核定征收的方法征收税款，所以，对总机构的核定征收不合法，应当予以纠正。
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