根据《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知 》国税函〔2006〕969号第二条规定：“关于增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票的处理
目前，增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票分“比对不符”、“缺联”和“作废”等类型。
凡属于上述涉嫌违规的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，并按有关规定进行处理。
经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。属于税务机关责任的，由税务机关误操作的相关部门核实后，区县级税务机关出具书面证明；属于技术性错误的，由税务机关技术主管部门核实后，区县级税务机关出具书面证明。”
认证为“缺联”发票怎样处理?
所谓缺联，即缺少联次，这种情况在进行比对的发票中常会出现，出现最多的就是运输发票，缺联实际上就是指的缺少销售方的记账联，即缺少销项，因为通常情况下发票开具后，开票方的开票数据就会记载在金税卡中，在次月的税额申报时，就会将开票的数据copy到国家税务总局的的总数据库中。 在这要说的是发票认证的原理，发票认证时并不是说对方的销项信息完全和你的抵扣联一致才能认证，抵扣联认证的关键在84位密文，这84位密文是根据你的销售方税号、购货方税号、购货日期、金额、税额等信息组成的，即一台税控机都有一个固定的密文不变，一旦开出的发票符合以上特征的话，就可以拿去认证，并能通过。 之所以你的发票在07年12月收到并抵扣，但在08年3月通知你发票不能抵扣，是缺联发票，是因为大家都知道发票的抵扣期限是90天，在这期间以后，税务总局的系统会根据每一张抵扣联去比对相应的销售联，以确保没有假票或错票，因为发现你有抵扣，但是没有对方单位相应的销售，所以这张票上的税额就不能抵扣。 本人分析出现这种问题的原因主要是对方将该票开出，你公司进行抵扣完毕后，对方又将该销项发票在税控系统中作废造成的。
销货方将专用发票抵扣联和发票联丢失怎样处理
丢失已作废的增值税专用发票发票联和抵扣联属于未按规定保管发票行为。
按照《中华人民共和国发票管理办法》规定：
对未按规定保管发票行为，税务机关应责令限期改正，可以处1万元以下的罚款。
具体处罚数额属于税务机关自由裁量范畴。
一般而言，丢失已作废的增值税专用发票发票联和抵扣联，相对于空白发票而言，处罚幅度要小许多。请尽快与主管国税局联系。
发票缺联怎么解决！
根据《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知 》国税函〔2006〕969号第二条规定：“关于增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票的处理
目前，增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票分“比对不符”、“缺联”和“作废”等类型。
凡属于上述涉嫌违规的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，并按有关规定进行处理。
经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。属于税务机关责任的，由税务机关误操作的相关部门核实后，区县级税务机关出具书面证明；属于技术性错误的，由税务机关技术主管部门核实后，区县级税务机关出具书面证明。”
认证为“缺联”发票怎样处理?
缺联，即发票缺少联次，这种情况在进行比对的发票中常会出现，出现最多的就是运输发票，缺联实际上就是指的缺少销售方的记账联，即缺少销项，因为通常情况下发票开具后，开票方的开票数据就会记载在金税卡中，在次月的税额申报时，就会将开票的数据copy到国家税务总局的的总数据库中。
在这要说的是发票认证的原理，发票认证时并不是说对方的销项信息完全和你的抵扣联一致才能认证，抵扣联认证的关键在84位密文，这84位密文是根据你的销售方税号、购货方税号、购货日期、金额、税额等信息组成的，即一台税控机都有一个固定的密文不变，一旦开出的发票符合以上特征的话，就可以拿去认证，并能通过。
因此，属于“缺联”的发票暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，分情况按上述规定进行处理。
发票缺联怎么解决！
发票缺联不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，并按有关规定进行处理。
1、根据《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知 》国税函〔2006〕969号第二条规定： 目前，增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票分“比对不符”、“缺联”和“作废”等类型。
2、经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。属于税务机关责任的，由税务机关误操作的相关部门核实后，区县级税务机关出具书面证明；属于技术性错误的，由税务机关技术主管部门核实后，区县级税务机关出具书面证明。
销货方将专用发票抵扣联和发票联丢失怎样处理
根据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第二十八条规定，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查。如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
发票缺联怎么解决！
你公司进行抵扣完毕后，对方又将该销项发票在税控系统中作废造成的。
销货方将专用发票抵扣联和发票联丢失怎样处理
1.告诉购方发票抵扣联和发票联不慎丢失，求得造成购方不能开票当月认证抵扣的谅解。
2.开具发票的次月 向你的国税局办税服务厅申请《丢失增值税专用发票已报税证明单》，与相应专用发票记账联复印件一同交给购方。
3.购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
失联发票处理问题
这种情况一般也叫缺联就是税务系统内部比对不符造成的，税务会叫你提供一些资料，你们税务会传递给对方单位的税务局，由对方单位的税务局找销货方处理。
这时候你们的税务局会让你们做进项税转出，等对方单位税局机关处理完后，会通知给你们税务，你们税务在通知你们抵扣。
我们这边都这么操作，希望给你参考
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