1.对进项税额总体水平的稽查。在对进项税额实施稽查之前，首先可以对被查单位的进项税额的总体水平进行测试，稽查纳税人在所属期内发生的进项税额总额，是否大约等于扣除项目金额与适用税率的乘积。如果有差额，则很可能是纳税人将购买货物或应税劳务没有取得专用发票的税额，或不合规定不予抵扣的税额一并记入了进项税额中进行抵扣。测试方法如下：
(1)按不同的适用税率统计扣除项目金额。例如，通过稽查“原材料”、“库存商品”、“低值易耗品”、“包装物”等账户，统计适用基本税率的项目的全年累计借方发生额;通过稽查“生产成本——基本生产(辅助生产)”账户，得到水、电、气的全年成本金额;通过稽查“产品销售费用”账户，得到企业发生的运输费用金额。
(2)计算当期最大限额抵扣税额。按上述统计金额分别乘以适用税率计算所属期间的进项税额，即为当期最大限额抵扣税款;再加上由“待摊费用——期初进项税额”转入当期的进项税额和当期已申报人库的已缴增值税金，应约等于“应交税金——应交增值税”当期累计借方发生额。
(3)比较结果，分析原因。如果上述测算结果小于“应交税金——应交增值税(进项税额)”账户借方发生额，说明企业存在多计进项税额的可能性，应重点开展详细稽查。如果上述测算结果大于“应交税金——应交增值税(进项税额)”账户的借方发生额，则说明企业有可能存在进货没有取得专用发票或其他类似情况，应进一步分析其原因，看有无影响增值税的计算。例如，设法了解企业有无重大的非应税项目：
①进行财务报表相关分析。从资产负债表中，分析在建工程、固定资产的变动情况，有无在建工程建设项目、待处理财产损失项目等。
②进行产品品种、用途分析。稽查被稽查企业是否有免税产品;若生产的产品为生活用品，是否可能发放给职工;产品销售对象有无出口产品。
③进行经营项目分析，稽查企业有无兼营非应税项目，如装潢、房地产等。
总之，应当进行各种形式的比较分析，找出可能存在的问题，有目的、有重点地展开详细稽查。
2.进项税额抵扣合法性的稽查
(1)对专用发票的稽查
①审查有无未取得法定凭证而进行抵扣的情况。需逐笔审核进项税计税凭证，稽查有无未取得法定凭证而进行实际抵扣。有无以复印件、传真件代替原件进行实际抵扣等情况。
②审查有无以错误法定凭证而进行抵扣的情况。抽查进项税计税发票，核实纳税人登记号是否一致，印章是否齐全，开户银行及账号是否一致，金额有无涂改等。凡是以上要素有误的专用发票不得实际抵扣，购进单位与付款单位不一致时，也不得抵扣。
③审查有无代开、虚开专用发票的情况。逐笔审查专用发票，一是辨别发票真伪;--是发现有进项一直大于销项，或某固定往来单位常开出大额专用发票及开票单位与实际付款单位不相一致等线索时，应抽查专用发票、银行单据、实际进货数量等，确认有无代开、虚开专用发票的情况。
(2)对经济业务事项的稽查。由于进项税额是伴随着企业采购业务的发生而流入企业，所以稽查时应着重稽查与外购项目相关的“原材料”、“库存商品”、“低值易耗品”、“包装物”、“制造费用”等科目所反映的经济业务是否属实，金额是否正确，有无专用发票作为扣税凭证。
①稽查有关科目的借方发生额，确定采购业务的事项是否属实。可以通过企业正常的采购、耗用水平加以判断，并调阅记账凭证和原始资料，稽查付款方式，是否已支付货款，付款对象、取得的专用发票有无异常等，找出疑点，核查清楚。必要时可以采用函证、实地调查等方法进一步稽验证实。
②检验有关科目的借方发生额是否应归属于该科目，有无将固定资产记入“原材料”科目，或是将购入固定资产的金额化整为零，记入“低值易耗品”科目，以达到抵扣进项税款的目的。在稽查时可以选择一些采购金额、数量较大的或与平时正常采购业务相比波动较大的业务，调阅原始凭证，验证内部控制制度的执行，重点审核购进货物取得的专用发票的内容。根据填开的货物各称、单位，对照财务制度的规定稽查是否确实属于“原材料”或“低值易耗品”。
③稽查购进的货物及应税劳务是否用于非应税项目。在稽查时，可以通过稽查企业经营的实际情况，根据购进货物的用途加以推断。例如，服装生产企业采购记入“原材料”科目的材料是钢材、水泥;钢铁生产厂采购记入“原材料”科目的是大米等。这些情况可以判断为用于非应税耗用。在稽查时，还应特别注意商业零售企业开具的专用发票，稽查其是否属于企业购进的生活资料，如果属实，则不能抵扣税款。
3.非专用发票扣税的稽查。免税农业产品、运输费用及收购废旧物资进项税额的抵扣凭普通发票即可实施，在稽查时应予以注意。
(1)审查允许计算扣除的范围。免税农产品的范围详见财政部、国家税务总局《关于调整农业产品增值税率和若干项目征免增值税的通知》，审查扣税项目是否属于免税农产品，其采购对象是否是农民、农业免税单位自产的农产品和小规模纳税人销售的农产品。审查运输费用是否属于企业代垫的运费而未记入销售额中，如果属实，则不能抵扣;另外，购买或销售免税货物以及外购固定资产的运费也都不能抵扣。
(2)审查计算扣税的凭证是否合法。收购农民个人自产农产品应使用税务机关批准的统一收购凭证;小规模纳税人应提供普通发票;农业免税单位提供的应是当地财政部门印制的套有国家税务总局发票监制章的统一格式收据及农业特产税缴款书;运费结算单据是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票以及从事货物运输的非国有的运输单位开具的套印有全国统一发票监制章的货票。
(3)检查扣税金额计算是否正确。首先应稽查计算的基数是否正确，注意企业有无将装卸费、保险费等杂费也计入了运输费用中。其次，稽查其适用的扣除率是否正确，注意运输费用的扣除率是否已按规定改为了7%。
4.进项税额抵扣时问的稽查。根据规定：工业企业购进货物入库后，才能申报抵扣进项税额;商业企业购进货物付款后，才能申报抵扣进项税额;购进应税劳务，应在劳务费用支付后申报抵扣进项税额。
稽查进项税额抵扣时间，可以从以下几个方面着手：
(1)稽查购进货物的账务处理，看有无异常情况。例如，稽查发现如下的账务处理：
借：在途材料(材料采购)
应交税金——应交增值税(进项税额)
贷：银行存款(应付账款)
则可以判断这属于异常会计分录，企业在货物尚未入库时就已经抵扣了进项税额。
(2)对工业企业，应审查验收入库的手续是否符合管理要求，核实货物验收入库单，必要时进行实物盘点，确认企业有无在材料未入痒前就抵扣进项税额的现象。
(3)对商业企业，应结合购进货物的账务处理，核实应付账款的明细账，确认企业有无未付款就抵扣进项税额的现象。
(4)对以物易物、接受捐赠、接受投资的货物，要注意审查企业是否拥有具有法律效力的合同、章程、证明及有关部门的评估证明资料。
5.进项税额转出的稽查
(1)非正常损失的稽查。所谓非正常损失，是指生产经营过程中，不属正常的损耗，包括自然灾害损失、因管理不善造成货物被盗、发生霉烂等损失以及其他非正常损失。企业在产品和产成品耗用的非正常损失的购进货物或应税劳务按规定不得抵扣进项税额。非正常损失一般发生在采购、生产、保管、销售四个环节。
一对非正常损失的稽查应从以下几方面进行：
①确认是否存在正常损失。
首先，分析会计报表。一查资产负债表的“待处理财产损益”项目，调阅相关凭证进一步核实是流动资产损失，还是固定资产损失，因为只有流动资产的损失才有可能涉及到增值税的调整问题;二查损益表，如果发现表中列支的“营业外支出”金额较大，则调阅凭证看有无非正常损失项目。
其次，分析财务指标。有的纳税人在发生了非正常损失后，不通过“待处理财产损益”科目核算，而是直接增加当期生产或销售成本，导致月份成本偏高、毛利率偏低。稽查时可通过比较分析法，查看纳税人在稽查期所销售货物的平均单位成本是否比一般水平偏高，如果确定偏高又无合理解释的，就说明纳税人有隐瞒非正常损失的可能。这时应重点稽查“原材料”、“产成品”、“生产成本”账户的贷方发生额，通过贷方发生额的具体内容判定企业是否存在将非正常损失项目自行消化的情况。
再次，分析存货的呆滞金额。稽查存货明细账，对一些品种的外购货物原材料及企业产成品和多少年来都是上年连续结转数量而金额没有变的呆滞金额，应查明实物是否存在;对数量少、金额较大的品种抽样实物盘点，查明是否名存实亡;再核实短少的存货，对已销的部分作实现销项税额处理，对损失部分作进项税额转出。
最后，债权赔偿分析。有些非正常损失应由外单位或个人承担责任，在双方协商一致的情况下，对方作出一定赔偿。签订赔偿协议内容可以反映非正常员损失的真实情况;双方协商不一致的，可能产生经济诉讼，诉讼材料也会反映非正常损失的真实情况;另外，自然灾害等原因导致的损失，通过保险公司在赔偿时详细调查的企业存货损失情况资料及作出的赔偿金额，也能充分得到证实。
②审查非正常损失是否已作进项税额转出。对企业发生的损失确认后，财务核算已作账务处理的，可以通过“待处理财产损益”账户的借方发生额，调阅记账凭证，稽查其账务处理。如果“待处理财产损益”账户借方发生额对应关系为贷记“原材料”、“低值易耗品”、“包装物”、“产成品”、“生产成本”，同时贷记“应交税金——应交增值税(进项税额转出)”，说明被查企业已作进项税额转出。如果上述对应关系中贷方没有发生“应交税金——应交增值税(进项税额转出)”，则说明存在未转出进项税额，应予以调整。同理，企业发生损失查明原因后，企业决策者批准直接在“营业外支出”账户中列支的，则采用相同的方法查看“营业外支出”账户的借方发生额的对应关系是不是“应交税金——应交增值税(进项税额转出)”，若不是，则也应进行调整。
对企业发生的非正常损失没有及时按会计制度进行正确核算处理的，应分析损失项目的具体情况分别处理，在进项税额转出的同时分别贷记“原材料”、“生产成本”、“产成品”等账户。
③稽查“进项税额转出”金额是否正确。稽查计税依据是否正确;注意毁损货物的具体时间，查看有无延期转账的现象;稽查计算方法是否正确，是否人为地减少了物耗项目，进而少了进项税额。
(2)企业购进货物用于非应税项目、免税项目等的稽查。
①审核“原材料”：账户的贷方，确定原材料的用途。可以核对有关的原始凭证，稽查“原材料”贷方发生额的对应借方科目是否是“其他业务支出”、“生产成本——基本生产——X×免税产品”、“在建工程”、“应付福利费”等科目;如果是，则进一步稽查在贷记“原材料”科目的同时，是否作了相应金额的进项税额转出的处理。对未作处理的，应予以纠正。
②审查“营业外支出”、“其他应收款”、“生产成本”、“应付福利费”等账户的借方，确定有无未进行还原而直接按不含税价格转入原材料的现象。
③对于免税项目耗料和应税项目耗料不能分清核算的，应按销售收入比例分摊进项税额，即按下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额=当月全部进项税额×(当月免税项目销售额与非应税项目营业额合计)÷当月全部销售额营业额合计
如果纳税人月度之间的购销不平衡，按上述公式计算出现不得抵扣的进项税额不实的现象，税务机关可采取年度清算的办法，即年末按当年的有关数据计算当年不得抵扣的进项税额，对月度计算的数据进行调整。这时就需要审查企业年末是否按全年销售收入比例予以调整分摊比例。
(3)企业退货或折让而收回增值税的稽查。税务人员可以直接从进货退回的红字处理追踪相的进项税额有无扣减。另外，购货方发生退货时必须由当地税务机关提供《销货退出或索取折让证明单》以下简称《证明单》。稽查时可以要求被查企业提供《证明单》的存根联，核对开具退货的数量、价款及税额与账面冲减的数量、金额、税额是否一致，有无人为延期作出进项税额转出。审查企业有无利用现行的购进扣税法，大量进货或虚假进货，增大当期进项税额，然后办理退货延期缓缴应纳增值税。这可以通过资金的流动，及供货方单位的情况加以审定。
“代垫运费”的涉税分析
由于运费发票可按7%的税率抵扣增值税，余下的93%可计入企业成本费用在所得税前扣除，因此，有些纳税人利用代垫运费的法律和征管漏洞来分解、隐瞒销售收入。鉴于此，有必要为纳税人梳理“代垫运费”的税收政策，规范纳税行为
“代垫运费”属价外费用
什么是代垫运费和价外费用呢？
代垫运费指本该由购货方承担的运费，由于承运人不便到购货方收款，由销售方代购货方垫付给承运部门，然后向购买方收回代垫款项。
销售方发生的代垫运费，其实际付款者是购货方。销货方只是按合同约定，受购买方的委托，代为将其购买的货物委托承运部门运输到指定地点，并垫付运输费用或代为办理托运手续并垫付运输费用，然后将垫付款向购买方收回。此间实际发生的垫付金额是预先不能明确的，只有在委托承运部门运输时，才由后者依承运价格及其他条件（重量或体积等）计收运费。经购货方确认同意，或约定授权由销货方视情况确定运费金额后，由销货方将此笔运费垫付给承运部门。
价外费用指包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费及其他各种性质的收费。但不包括同时符合以下条件的代垫运输费用：承运部门的运输费用发票开具给购买方的；纳税人将该项发票转交给购买方的。除此以外的价外费用，无论会计制度怎样核算，均应并入销售额计算应纳税额。按照《增值税暂行条例》及其实施细则的规定，增值税的应税收入为纳税人销售货物或应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。
根据上述规定，代垫运费是代垫款项的一种，属于价外费用范畴。只有同时符合“承运部门的运费发票开具给购买方和纳税人将该项发票转交给购买方”两个条件的代垫运费，才不包括在货物销售的“价外费用”中。
应用“两票结算”有条件
现实中，个别纳税人为追逐经济利益最大化，利用代垫费用对实质上的混合销售行为（指一项销售行为既涉及货物销售，又涉及提供应税劳务）进行所谓的筹划，把应纳增值税的混合销售收入分解为产品销售收入和运费收入，典型方式是购销双方实行“两票结算”，即在货物购销活动中，凭货物发票和运输发票收取或支付货款和运费的结算方式。
按照《增值税暂行条例实施细则》的规定，同时符合“承运部门的运费发票开具给购买方”和“纳税人将该项发票转交给购买方”两个条件的代垫运费，是不包括在货物销售的价外费用之中的。对代垫运费的判定，要先判断购货方支付的运费在性质上是否属于代垫费用，再看形式上是否同时符合不属于价外费用的两个条件。因此，对销货方而言，符合税法规定代垫运费的“两票结算”须满足以下条件：
销售行为发生地在销售方，运费的实际承担方为购买方按出厂价销售货物，销售时凭按出厂价填开的货物发票和由销售方代付运费的运票向购货方收取货款和代垫运费，即销售行为发生地在销售方，计量验收在销售方进行，货物运送的责任在销售方，这才有了应由购买方把货物运回并支付运费的责任。反之，若销售行为发生地在购买方，“货物到购买方质检计量确定购进结算价款”，则货物运送的责任在销售方，显然就不存在代垫费用的基础。
如果销售方的一项销售行为既涉及货物又涉及非应税劳务，为混合销售行为，应缴纳增值税，其承担的运费能作为增值税的扣除项目。对购买方而言，货物购买地在己方，就没有支付运费的理由。所以，代垫费用仅存在于“发货制”的销售方式中，对于“送货制”的销售行为只能实行“一票结算”，即凭货物销售发票结算，视为混合销售行为缴纳增值税。
运输途中的货物风险承担方为购买方纳税人在涉及代垫运费的购销合同中明确约定运费由购货方承担，只有至少明确约定运输途中发生的损失及纠纷责任由购买方承担时，方可视为真正意义上的销售方代垫运费行为。
《企业会计准则第十四号———收入》和国家税务总局《关于确认企业所得税收入若干问题的通知》规定，企业销售商品同时满足下列条件的，应确认收入的实现：商品销售合同已经签订，企业已将商品所有权相关的主要风险和报酬转移给购货方；企业对已售出的商品既没有保留通常与所有权相联系的继续管理权，又没有实施有效控制；收入的金额能可靠地计量；已发生或将发生的销售方的成本能够可靠地核算。
上述法规对于收入的确认，强调与商品所有权相关的主要风险和报酬转移，及售出的商品的管理权和控制权的行使，收入、成本能可靠地计量核算。如果采用“货物到厂质检计量后确定购进结算价款”的方式，实质上销售行为发生地是在购买方，货物运送（包括运输途中的风险）责任是在销售方，运费也由销售方承担，就不存在代垫费用的基础。
综上所述，凡是购销合同约定的价款只有一个而采用“两票结算”，或使用“货物到厂质检计量后确定购进结算价款”的交付方式，无论是否有代垫运费条款，均属于一项销售行为，既涉及应税劳务又涉及货物，销售货物与提供增值税非应税劳务（运费）是同一纳税人实现的，价款是同时从一个购买方取得的混合销售行为，应按销售方取得的全部价款（包括运费）缴纳增值税。供货商应向购买方提供货物销售发票（增值税专用发票或普通发票），购买方未按规定取得的发票（内容不真实且不是本企业的费用），一律不得抵扣进项税和用于税前扣除。
代付运费，税收抵扣的问题
运费在国家正式运费发票。扣除杂费保险费可以按7%进行抵扣，没有按17%进行抵扣的。单位所支付的运费和代交运费后收到的运费有不同，是开给的单位不同，只有开给自己单位的运费票才可以抵扣。单位只有收到运费的抵扣联才能进行运费的抵扣，运费的抵扣只进入进项税。
“代垫运费”的涉税分析
代垫运费是货运站应向购货方收取的费用,如果转运站可以直接开发票给购货方,企业只是暂时代垫运费(对方的运输发票可由企业代转交购货方),然后随货款一并收回,企业开发票时就不用含运费开票. 如果代垫运费发票不能由转运站开给购货方,而是转运站开给企业,企业再随销售的产品一起给购货方开发票,那运费的增值税就要随销售的产品一起按17%计算,这种情况下的代垫运费不是真正意义上的代垫运费,而是企业收回的运输成本.
代付运费，税收抵扣的问题
1、只有本公司负担的运费，并且开给本公司的运费发票才能抵扣
2、垫付的运费。发票开给对方，不能抵扣
3、物流运费发票开给你单位，你可以抵扣，但对方付款要运费发票，你还得开具垫付运费的发票。等于这笔运费不是你单位的，你就不可以抵扣。
我公司支付的托运费是否属于代垫运费
1，你公司为客户代垫的铁路托运费不属于代垫运费的范围，它应该属于价外费用与货款一起计征增值税。
《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定，价外费用是指价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的价外费用。
但下列项目不包括在内：
（一）向购买方收取的销项税额；
（二）受托加工应征消费税的消费品所代收代缴的消费税；
（三）同时符合以下条件的代垫运费：
１、 承运部门的运费发票开具给购货方的；
２、 纳税人将该项发票转交给购货方的。
2，凡价外费用，无论其会计制度怎样核算，均应并入销售额计算应纳税额。在实际操作中，你公司为客户托运产品，但是铁路部门的运费发票是开给你公司的，这就违背了上述《细则》规定的“同时符合”的第一条。因为客户不可能每购买一次产品就带着公章到你公司所在地的铁路部门办理托运手续，同时，铁路部门要求办理托运业务时必须有单位的公章，所以只能由你公司与铁路部门签订托运合同，运费发票的户名只能是你公司。你公司将这些托运费和装卸费凭证一同寄给客户，再由客户将费用直接汇入你公司的账户，而客户拿到这些凭证后也无法进行增值税进项税额抵扣（因为发票户名不是客户名）。综上所述，你公司按出厂价与客户进行结算时，替客户办理的托运费不符合上述《细则》中代垫运费所需条件。所以，国税局对此
笔运费征收增值税是严格按照税法的规定执行的。
3，你公司可以根据目前的情况，与客户以到货价进行结算，并可以将铁路托运发票按７％进行增值税进项税额抵扣。这样处理既没有增加你公司的税负，也不会违反税法的规定。
另外，你所咨询的那些企业的做法也是不规范的。国家税务总局到目前并没有就此有任何新的规定，无论何地的企业都要严格按照上述规定办理，各地的国税局也要按照上述规定严格执法。
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