不能抵扣的进项税的账务处理方式如下：
1、企业可通过做增值税转出进项税金的方式，对该部分税款表示放弃；
2、企业可以做一笔无票收入，让增值税销项税金等于或略大于留抵的进项税金，实现平进平出不交增值税或者交少量增值税。这样，留抵的进项税金就可以消化干净。
进项税的会计处理：
1、不得抵扣的进项税额：应计入相关资产或费用科目；
2、可抵扣的进项税额：应当在税金及附加科目下设置的待抵扣进项税额科目中核算；
3、进项税额转出：当进项税额符合抵扣条件时，应转出至应交税费科目下的应交增值税科目；
4、进项税额结转：在纳税申报期，将待抵扣进项税额转至本期应交税费科目，用以抵减销项税额；
5、进项税额不予抵扣时：如果进项税额不符合抵扣条件，应计入当期损益，作为费用处理。
综上所述，不能抵扣的进项税可以通过放弃部分税款或者通过无票收入实现平进平出不交或交少量增值税，以消化留抵的进项税金。
【法律依据】：
《关于增值税若干政策的通知》
第六条
一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题。一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
已抵扣进项税额发生不允许抵扣的情形怎样处理
已抵扣进项税额发生不允许抵扣的情形，应该进行进项转出。
已抵扣进项税额发生不允许抵扣的情形怎样处理
答：已抵扣的进项税额发生不允许抵扣的情况，外我们需要做进项税额转出，在账上要做转出的分录，在申报时也需要将这笔税额填入申报表。
已抵扣进项税额发生不允许抵扣的情形怎样处理
根据《国家税务总局关于发布《不动产进项税额分期抵扣暂行办法》的公告》（国家税务总局公告2016年第15号）的规定：
国家税务总局制定了《不动产进项税额分期抵扣暂行办法》，现予以公布，自2016年5月1日起施行。
第九条 按照规定不得抵扣进项税额的不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额项目的，按照下列公式在改变用途的次月计算可抵扣进项税额。
可抵扣进项税额＝增值税扣税凭证注明或计算的进项税额*不动产净值率
依照本条规定计算的可抵扣进项税额，应取得2016年5月1日后开具的合法有效的增值税扣税凭证。
按照本条规定计算的可抵扣进项税额，60%的部分于改变用途的次月从销项税额中抵扣，40%的部分为待抵扣进项税额，于改变用途的次月起第13个月从销项税额中抵扣。
已入账的进项发票因超时不能抵扣怎么办
如果购买材料的发票进项税不能抵扣，要将已抵扣的进项税转入存货成本中
借：原材料
借：应交税费—应交增值税（进项税额）（红字）
已入账的进项发票因超时不能抵扣怎么办
超过认证期的进项发票不能退回作废也不能开红字发票更不能抵扣，只能用于记帐，进项税全部计入成本
已入账的进项发票因超时不能抵扣怎么办
进项不能抵扣的，计入成本。
税不予抵扣怎么处理？
所得税审核、年度审计时，发现不少人对一般纳税人的应交增值税理解不恰当，科目使用不正确，期末怎样处理不明确等；这些人既有企业会计人员，也有不少事务所的从业人员；企业会计制度对“应交增值税科目”做了详细的规范，但对于各种类型企业怎样设置科目，以及怎样正确使用，理解起来还是有点困难；笔者根据实务经验，对此问题进行专门的归纳总结。 一、为什么要设置“应交增值税”及“未交增值税”两个科目 主要从税收方面探寻原因，首先上期的进项税可留到下期进行抵扣，即当月有借方余额，可留抵；其次上期的销项税，则不能用下期的进项税抵扣，即当月有贷方余额，要先交税；为了能够明确区分企业欠交增值税税款和留抵增值税情况，确保企业及时足额上交增值税，所以，要分别设置应交增值税及未交增值税科目。 企业往往在下月10日前申报上月的增值税，一般来说，“应交增值税”科目的余额是借方，反映待抵扣增值税，或者是0；“未交增值税科目”的余额是借方或者贷方，期末贷方余额反映未交的增值税，若为借方余额则反映多交的增值税，或者是0。
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