分公司应当按照《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。
总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
因此分公司若办理了税务登记，则其为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。若经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳增值税。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条规定：居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
扩展资料：
企业所得税的征税对象是纳税人取得的所得。包括销售货物所得、提供劳务所得、转让财产所得、股息红利所得、利息所得、租金所得、特许权使用费所得、接受捐赠所得和其他所得。
居民企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税。
企业所得税的税率为25%的比例税率。
原“企业所得税暂行条例”规定，企业所得税税率是33%，另有两档优惠税率，全年应纳税所得额3－10万元的，税率为27%，应纳税所得额3万元以下的，税率为18%；特区和高新技术开发区的高新技术企业的税率为15%。外资企业所得税税率为30%，另有3%的地方所得税。
新所得税法规定法定税率为25%，内资企业和外资企业一致，国家需要重点扶持的高新技术企业为15%，小型微利企业为20%，非居民企业为20%。
企业应纳所得税额=当期应纳税所得额*适用税率
应纳税所得额=收入总额-准予扣除项目金额
企业所得税的税率即据以计算企业所得税应纳税额的法定比率。根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》的规定，2008年新的<中华人民共和国所得税法>；规定一般企业所得税的税率为25%。
参考资料来源：搜狗百科-企业所得税
独立核算分支机构怎样缴纳增值税
总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。《财政部 国家税务总局关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》规定，对跨地区经营的直营连锁企业，即连锁店的门店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，凡按照国内贸易部《连锁店经营管理规范意见》的要求，采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，并符合以下条件的，可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税:在直辖市范围内连锁经营的企业，报经直辖市国家税务局会同市财政局审批同意。
因此，你公司设立的分支机构不符合上述规定必须在机构所在地缴纳增值税，并且不可汇总缴纳。
商场收取的部分费用是否缴纳增值税
国税12366答：根据《国家税务总局关于商业企业向货物供应方收取的部分费用征收流转税问题的通知》规定，商业企业向供货方收取的部分收入，按照以下原则征收增值税或营业税：
（一）对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额无必然联系，且商业企业向供货方提供一定劳务的收入，例如进场费、广告促销费、上架费、展示费、管理费等，不属于平销返利，不冲减当期增值税进项税金，应按营业税的适用税目税率征收营业税。
（二）对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩（如以一定比例、金额、数量计算）的各种返还收入，均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金，不征收营业税。
善意取得虚开的专用发票不收滞纳金
国税12366答：《关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条纳税人未按照规定期限缴纳税款的情形，不适用该条税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金的规定。
来料加工货物在国内采购辅助材料不得抵扣进项
国税12366答：根据国家税务总局印发《出口货物退（免）税管理办法》规定，来料加工复出口的货物免征增值税，不办理退税。按照上述规定及《增值税暂行条例》中有关免税货物的规定，来料加工复出口货物在国内采购的辅助材料，既不能办理退税也不能作为进项税额抵扣，只能作成本处理。
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