证券回购交易的清算分两步进行：
第一步，进行回购初始交易当日的清算，清算价格均按100元计算，同时冻结相应价值的债券。
第二步，进行回购到期日的清算，其清算按以前兑价产生的到期购回价进行，同时解冻相应的债券。若到期日为非交易日，则顺延到下一个交易日清算。
一、证券回购的清算特点
证券回购的清算特点是一次交易、二次清算。
（一）证券交易所市场的债券回购业务清算
第一步，回购初始交易当日的清算
第二步，回购到期日的清算
回购年收益率=[（购回价-100）/100]×[（1年的天数/回购天数）×100%]（注：上海证券交易所规定“1年的天数”为360天，深圳证券交易所规定为365天。）
购回价计算公式:回购价=100元+收益率×100元×回购天数/360（365）。
（二）全国银行间市场进行的债券回购业务清算
1、见券付款
2、券款对付
3、见款付券
到期资金清算额=首次资金清算额×（1+回购利率×回购期限/365）。
二、标准券的折算率
（一）折算率的含义和作用指：
1．标准券的折算率是指国债现券折算成国债回购业务标准券的比率。
2．公布折算比率的作用在于：既切实维护了国债回购参与者的利益，又充分发挥了市场的综合功能，同时也促进国债市场的完善和发展。
（二）折算率的计算和影响因素：
1．折算率由交易所会同证券登记结算机构，根据国债利率及市场价格，对所有在交易所上市的国债现货交易品种计算并公布可用以国债回购业务的折算比率。
2．折算率是根据同券种现货市场价格来加以确定。用现货市场价来确定折算率从理论上来讲比较合理，这是因为该价格不仅包含了债券本身所具的时间价值，同时也包含了供求变化及其他因素对其价格的影响情况。
在折算率公布的方法上，沪、深两地交易所的规定如下：
上海证券交易所定期于每季度最后一个营业日公布下季度各现券品种折算标准券的比率，并于下季度第一个营业日起按新的折算比率计算各会员单位可用于国债回购业务的标准券数额。
深圳证券交易所公布的折算率视国债市值的变化，由交易所定期予以调整公布。
证券清算款的会计核算方式
1、企业将款项存入清算代理机构时：
借：结算备付金（或证券清算款科目）
贷：银行存款
若买入证券成交总额大于卖出证券成交总额时：
借：代理买卖证券款
贷：结算备付金
若卖出证券成交总额大于买入证券成交总额时：
借：结算备付金
贷：代理买卖证券款
2、企业从清算代理机构划回资金时：
借：银行存款
贷：结算备付金（或证券清算款科目）
企业的证券清算款一般通过“结算备付金”科目以及“银行存款”等科目进行处理，其中“结算备付金”科目主要用于核算证券企业为证券交易的资金清算与交收而存入指定清算代理机构的款项。
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